Η αποστολή της ΣΝΔ περιλαμβάνει και την παραγωγή και μετάδοση γνώσης στους Ναυτικού Δοκίμους με την έρευνα και διδασκαλία της ναυτικής επιστήμης και τεχνολογίας, καθώς και των συναφών θεωρητικών, θετικών και εφαρμοσμένων επιστημών (Αρθρο 1 ν. 3187/2003 περί ΑΣΕΙ). Η Έρευνα στην ΣΝΔ, βασική και εφαρμοσμένη, ελεύθερη ή προσανατολισμένη, ατομική και συλλογική, προάγει την Ναυτική Επιστήμη και Τεχνολογία και δι’ αυτής την Εθνική άμυνα της χώρας και ενώ παράλληλα προάγει την επιστημονική γνώση και δι’ αυτής την εκπαιδευτική διαδικασία (Άρθρα 45-47, ΠΔ 61/2010). Τα μέλη ΔΕΠ και τα στελέχη της Σχολής ενθαρρύνονται να εκπονούν την έρευνα τους στα γνωστικά πεδία της Σχολής, τηρώντας την ισχύουσα νομοθεσία, τους διεθνείς κανόνες που απορρέουν από διεθνείς συμφωνίες καθώς και αναγνωρισμένους στις επιστημονικές περιοχές επαγγελματικούς ή δεοντολογικούς κανόνες, και, επιπλέον, τους ειδικούς κανόνες που ορίζονται από το Ε.Σ. της ΣΝΔ και το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού. Η μη διαβαθμισμένη έρευνα εποπτεύεται από την Επιτροπή Ερευνών της ΣΝΔ.