Η Σχολή Ναυτικών Δοκίμων, ως Ανώτατο Στρατιωτικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα (ΑΣΕΙ) δύναται να οργανώνει, είτε αυτοδύναμα είτε σε συνεργασία με τα Πανεπιστήμια, Προγράμματα Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Σπουδών σε θέματα Ναυτικής Επιστήμης και Τεχνολογίας.
Σύμφωνα με το νομικό πλαίσιο των ΑΣΕΙ, τα Προγράμματα αυτά ιδρύονται με Υπουργική Απόφαση και απευθύνονται σε απόφοιτους ΑΣΕΙ και Ιδρυμάτων της Ανώτατης Εκπαίδευσης της ημεδαπής και αλλοδαπής.
Τα προγράμματα διδακτορικών σπουδών διέπονται από τον Κανονισμό Διδακτορικών Σπουδών.
Από το Ακαδημαϊκό Έτος 2020 – 2021 η Σχολή Ναυτικών Δοκίμων σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Πειραιώς προσφέρουν το Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών: