Η Σχολή Ναυτικών Δοκίμων, ως Ανώτατο Στρατιωτικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα (ΑΣΕΙ) δύναται να οργανώνει, είτε αυτοδύναμα είτε σε συνεργασία με τα Πανεπιστήμια, Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών σε θέματα Ναυτικής Επιστήμης και Τεχνολογίας.
Σύμφωνα με το νομικό πλαίσιο των ΑΣΕΙ, τα Προγράμματα αυτά ιδρύονται με Προεδρικό Διάταγμα, που εκδίδεται ύστερα από κοινή πρόταση των Υπουργών Εθνικής Άμυνας και Παιδείας και Θρησκευμάτων και απευθύνονται σε απόφοιτους ΑΣΕΙ και Ιδρυμάτων της Ανώτατης Εκπαίδευσης της ημεδαπής και αλλοδαπής.
Από το Ακαδημαϊκό Έτος 2020 – 2021 η Σχολή Ναυτικών Δοκίμων σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Πειραιώς προσφέρουν το Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών: