Το μουσείο της ΣΝΔ φιλοδοξεί να αποτελέσει καθρέπτη των προσπαθειών του Ελληνισμού για την απόκτηση, τη διατήρηση και την αξιοποίηση της «ναυτικής ισχύος» προς όφελος της Ελλάδας, από την αρχαιότητα μέχρι και σήμερα. Ειδικότερα, είναι ο επιστημονικός χώρος καταγραφής και προβολής όλης της προσφοράς της Σχολής προς τον Ελληνικό λαό, όπου ο βασικός πυρήνας του είναι οι δόκιμοι. Χάρη στα κειμηλιακά εκθέματα τα οποία συγκεντρώθηκαν στη ΣΝΔ στη διάρκεια των πάνω από 100 χρόνων λειτουργίας της στον Πειραιά, κατέστη δυνατός ο συνδυασμός της παρουσίασης της εξέλιξης της Σχολής με την παρουσίαση της εξέλιξης της «ναυτικής ισχύος» των Ελλήνων.
Το μουσείο της ΣΝΔ συνδυάζει δύο διαστάσεις:
- Την διάσταση της συγκέντρωσης, ανάδειξης αντικειμένων, που αποτελούν προϊόντα πνευματικού μόχθου και
- Την διάσταση της ιστορικής καταγραφής, αποτύπωσης και αποκατάστασης των συγκεκριμένων φάσεων που διήλθε ο Ελληνικός πολιτισμός.
Το μουσείο της ΣΝΔ επισκέπτονται συχνά σχολεία από όλες τις περιοχές τις Αττικής.
